El 1348 i en un context de frustració causada per la pesta negra, els jueus barcelonins van ser triats com a boc expiatori i van sofrir un violent atac. El 1367 es donà un cas de falsa profanació d’hòsties que fou supervisat per l’aleshores infant Joan, futur rei Joan I, i que causà la tortura i mort de tres jueus i l’empresonament com a hostatges de bon nombre de notables prohoms de la comunitat a la Sinagoga Major. Un altre gran avalot tingué lloc el 1391 i fou provocat per una onada de fanatisme religiós. Després d’aquest darrer pogrom, molts dels jueus supervivents es van convertir, d’altres es van exiliar, d’entre els quals els savis Hasdai Cresques i Isaac Sesset Perfet. Finalment, arran d’aquest avalot, l´aljama va ser definitivament abolida pel rei Martí l’Humà a demanda del Consell de Cent, el 1401. Molts dels conversos hi romangueren, però la vida jueva a Barcelona no es va reprendre mai més de manera oberta i oficial. L'edifici actual data del segle XVIII, tot i que podria haver-hi restes constructives anteriors.