Després de la fi oficial de l’aljama barcelonina decretada pel rei Martí l’humà al 1401, el Call va passar a ser ocupat per nous pobladors cristians, entre ells molts conversos. Les propietats de l’aljama –com ara les sinagogues- van passar directament a la corona, la qual les vengué a propietaris cristians.

Durant l’edat moderna els antics carrers del Call van adquirir els noms cristians que han perdurat fins a l’actualitat: Sant Domènec –com a recordatori del dia de l’avalot de 1391, festivitat de Sant Domènec-, Sant Ramon, Sant Honorat, Baixada de Santa Eulàlia, Sant Sever, Sant Felip Neri… Les raons dels noms de Marlet i Fruita no són evidents. Només l’antic carrer dels Torners ha acabat amb el temps recordant l’existència de l’antic barri jueu, prenent el nom de Call.

La transformació més evident de l’antic barri durant l’edat moderna va ser la construcció del Palau de la Generalitat. Entre 1401 i 1640 el General de Catalunya va anar adquirint i construint en diverses fases la seva emblemàtica seu, fins arribar a ocupar tota l’illa que va de la plaça Sant Jaume al carrer Sant Sever, i del carrer Sant Honorat al carrer del Bisbe. Excepte algunes cases de canonges del carrer del Bisbe, la resta de la planta del Palau de la Generalitat s’aixeca sobre antigues construccions del Call. Entre elles, la sinagoga Xica.

L’altra gran transformació fou la construcció del conjunt barroc del col·legi i església de Sant Sever, realitzat també sobre antigues propietats de l’aljama, com ara un dels seus alfòndecs